Nació el 18 de diciembre de 1895 en Tobarra (Albacete). Ingresó en el seminario de Cuenca donde cursó sus estudios de humanidades y filosofía, trasladándose después al de San Fulgencio de Murcia, donde estudio teología y se ordenó de presbítero. Tras varios nombramientos, desde 1926, ejerce como párroco de Isso (Albacete).

Sofocada la sublevación militar y civil en Hellín (Albacete), a partir del 24 de julio de 1936, se inicia la persecución religiosa. Don José para eludirla buscó refugio en la soledad de los montes más próximos a Isso, padeciendo todo tipo de vicisitudes. Ante las calamidades que tuvo que sufrir, se ocultó en una casa que su hermano tenía no muy lejos de Isso. Éste, como estaba bien visto por el Comité, creyó oportuno poner en conocimiento del mismo que tenía en su casa al sacerdoteJosé Alfaro buscado, con la esperanza de que le respetarían, pero no fue así. El Comité ordenó su inmediata detención pasando don José por desagradable tesitura de verse en manos de sus perseguidores y denunciado por su propio hermano. Le condujeron a la iglesia, que había sido pasto de las llamas, donde sufrió todo tipo de tormentos físicos y morales. Después se procedió a asesinarlo. Llevado a la carretera de Madrid, hasta un lugar próximo a Cieza (Murcia) se le tomó por blanco de tiro, pudiéndose apreciar hasta ciento treinta heridas producidas por disparo de escopeta. Era el 10 de septiembre de 1936. Se sospecha que fue su cuerpo objeto de múltiples ultrajes, y uno de los asesinos exhibió orgulloso una oreja de la víctima en una taberna. Otros testigos apuntan que estos sucesos ocurrieron en las afueras Isso (Albacete).