Matías Fernández Ayllón nació en Barajas de Melo, Cuenca, el día 24 de febrero de 1887.

El Siervo de Dios realizó los estudios eclesiásticos en el Seminario conciliar de San Julián en Cuenca, desde el año 1906. Fue ordenado el 23 de diciembre de 1911 por el Obispo de la Diócesis de Cuenca, Monseñor Wenceslao Sangüesa, en la Catedral de Cuenca.

Según declaración de uno de los testigos de su causa fue enviado a Madrigueras, provincia de Albacete y entonces Diócesis de Cuenca. Después fue nombrado cura párroco de Rozalén del Monte donde permaneció hasta que se inició la persecución.

Al estallar la revolución, en julio de 1936, marchó desde Rozalén a refugiarse a Barajas, a casa de su hermano Vicente. Debió estar allí escondido, unos días. Cuando lo supieron sus familiares fueron a por él y se lo llevaron con el anciano sacerdote, D. Hilario García Martínez, a una cueva en el lugar denominado Navazas, con la intención de que estuvieran más seguros. Propusieron a don Matías que huyera, pero él no quiso, les dijo que no podía abandonar a D. Hilario porque era muy mayor.

Así estuvieron escondidos, hasta que fueron encontrados por los milicianos que, tras atormentarlos cruelmente, les dieron muerte el 22 de agosto de 1936. Dejando los cadáveres insepultos. Fueron enterrados por sus parientes una vez que se enteraron que los habían matado.

Años después fue enterrado en el cementerio de Barajas de Melo. Tenía 49 años de edad cuando fue asesinado, sólo por ser sacerdote.